Le club a été fondé le 21 avril 1943, pendant la Seconde Guerre mondiale, suite à la fusion des clubs locaux de la ville. De 1992 à 2007, le club était connu sous le nom de FC Nantes Atlantique avant de reprendre son nom actuel au début de la saison 2007-08. Nantes joue actuellement en Ligue 1, où il revient pour la saison 2013/14 après une absence de 6 ans.
Nantes est l'un des clubs les plus titrés du football français après avoir remporté huit titres de Ligue 1, trois Coupes de France de football et une Coupe de Ligue 1. Le club est célèbre pour son jeu à la nantaise, son esprit collectif, prôné notamment par les entraîneurs José Arribas, Jean-Claude Suaudeau et Raynald Denoueix, et son centre de formation prolifique, qui a produit des joueurs tels que Marcel Desailly, Didier Deschamps, Mickaël Landreau et Christian Karembeu.
Le FC Nante a été fondé le 21 avril 1943. Il est née grâce à l'union de plusieurs clubs de la ville : Saint-Pierre, Stade Nantais U.C., A.C. Batignolles, A.S.O. Nantaise et La Mellinet. Au cours de la saison 63-64, ils ont fait leurs débuts en Ligue 1 française et en 1965, l'équipe a remporté son premier titre de champion.
En 1995, l'équipe remporte la Ligue 1 en ne perdant qu'un seul match dans la saison.
Lors de la saison 2006-07, Nantes est relégué en Ligue 2. Lors de la saison 2007-08, le FC Nantes retourne en première division française, la Ligue 1, après une brillante saison. Lors de la saison 2008 - 2009, le FC Nantes est à nouveau relégué en Ligue 2, occupant la 18e place. Le vendredi 17 mai 2013, Nantes a obtenu sa promotion en Ligue 1 après une victoire 1-0 contre le CS Sedan.
Pendant la saison 2017-2018, le FC Nantes est dirigé par Claudio Ranieri et a pensé pouvoir jouer en Europa League pendant plusieurs mois, après avoir été à la 5e place. Mais il finit finalement neuvième et Ranieri s'en va. Le nouvel entraîneur en 2019 est Christian Gourcuff.
